Dovrebbe derivare da un soprannome legato al termine dialettale tirolese pruner, "fontana", intendendo probabilmente chi abitava vicino ad una fontana.
Il cognome Pruner è rarissimo e sembrerebbe di origini trentine, ma presenta un ceppo anche nel cagliaritano. Pruneri è tipico della Valtellina con ceppi probabilmente secondari nel milanese e comasco.
Il cognome Pruner è 1954° nella regione Sardegna Il cognome Pruner è 884° nella provincia di Cagliari Il cognome Pruner è 42° nel comune di SERDIANA (SU)