Dovrebbe derivare da un soprannome legato al termine dialettale tirolese pruner, "fontana", intendendo probabilmente chi abitava vicino ad una fontana.
Il cognome Pruner è rarissimo e sembrerebbe di origini trentine, ma presenta un ceppo anche nel cagliaritano. Pruneri è tipico della Valtellina con ceppi probabilmente secondari nel milanese e comasco.
Il cognome Pruneri è 3996° nella regione Lombardia Il cognome Pruneri è 100° nella provincia di Sondrio Il cognome Pruneri è 7° nel comune di GROSIO (SO)