Potrebbe derivare da una forma etnica della città di Paphos sull'isola di Cipro, ed essere probabilmente giunto in Italia portato da profughi ciprioti a seguito degli scontri con i turchi nel 1500.
Il cognome Pafundi ha un ceppo a Napoli ed uno nel potentino. Pafundo, quasi unico, è del potentino.
Il cognome Pafundo è 5486° nella regione Basilicata Il cognome Pafundo è 2702° nella provincia di Como Il cognome Pafundo è 90° nel comune di CARIMATE (CO)