Potrebbe derivare da una forma etnica della città di Paphos sull'isola di Cipro, ed essere probabilmente giunto in Italia portato da profughi ciprioti a seguito degli scontri con i turchi nel 1500.
Il cognome Pafundi ha un ceppo a Napoli ed uno nel potentino. Pafundo, quasi unico, è del potentino.
Il cognome Pafundi è 534° nella regione Basilicata Il cognome Pafundi è 338° nella provincia di Potenza Il cognome Pafundi è 5° nel comune di PIETRAGALLA (PZ)