Dovrebbe derivare da soprannomi originati dall'italianizzazione del termine dialettale lombardo arcaico zaffranon, "zafferano bastardo" o grogo, chartamus tinctorius.
Il cognome Zaffaroni, decisamente lombardo, ha un ceppo nel comasco, nel varesotto, nel milanese. Zaffarone, quasi unico, è della Lombardia settentrionale.
Il cognome Zaffaroni è 697° nella regione Lombardia Il cognome Zaffaroni è 64° nella provincia di Varese Il cognome Zaffaroni è 2° nel comune di LIMIDO COMASCO (CO)