Dovrebbe derivare da un soprannome basato sul fatto che i capostipiti fossero stati dei prigionieri oppure che possano aver preso il nome da una località, come ad esempio Prigione dei Fieschi, un forte in provincia di La Spezia.
Il cognome Prigione è caratteristico dell'alessandrino con un piccolo ceppo anche a Genova. Prigioni, molto raro, è del pavese, dell'alessandrino e del genovese.
Il cognome Prigione è 3644° nella regione Piemonte Il cognome Prigione è 381° nella provincia di Alessandria Il cognome Prigione è 4° nel comune di CASTELLAZZO BORMIDA (AL)