Dovrebbe derivare dal toponimo Pennisi di Acireale (CT) ed indicare il paese di origine del capostipite.
Personaggio di rilievo è stato Agostino Pennisi, barone di Floristella (1832 - 1885).
Il cognome Pennisi è specifico del catanese. Pennise, rarissimo, è probabilmente dovuto ad errori di trascrizione del precedente.