Forma patronimica che starebbe ad indicare "il figlio di Benno o Penno", nome germanico di cui si ha un esempio a Milano nel 1182 in una Carta commutacionis: "...Ibique aderant Benno qui dicitur Curto et Guido qui dicitur Capello, vassalli predicti monasterii et estimatores, qui estimaverunt suprascriptas terras de loco Bagnolo, que sunt pertice sexaginta...".
Secondo un'altra ipotesi deriva da un soprannome originato dal termine cimbro penna, "cestone, gerla", usato forse per indicare la professione di fabbricante di gerle.
Il cognome Penner è tipico trentino.
Il cognome Penner è 1291° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Penner è 815° nella provincia di Trento Il cognome Penner è 8° nel comune di BESENELLO (TN)