Dovrebbe derivare da una modificazione del cognomen latino Muttius.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano in Val d'Intelvi fin dal 1600 mentre nel 1700 è famoso nel veronese lo scultore Lorenzo Muttoni.
Il cognome Muttoni è tipico del comasco e del bergamasco.
Il cognome Muttoni è 3530° nella regione Lombardia Il cognome Muttoni è 259° nella provincia di Lecco Il cognome Muttoni è 1° nel comune di TACENO (LC)