Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal vocabolo dialettale marnin o marnon (cassettone dove si riponeva una volta la farina), legato probabilmente al mestiere svolto dal capostipite.
Il cognome Marnini, abbastanza raro, è tipico del milanese e alto lodigiano.
Il cognome Marnini è 9024° nella regione Lombardia Il cognome Marnini è 892° nella provincia di Lodi Il cognome Marnini è 40° nel comune di SALERANO SUL LAMBRO (LO)