Dovrebbe derivare da un soprannome legato al significato simbolico di fonte intesa come "sorgente di spiritualità o di purezza di sentimenti", oppure da toponimi come ad esempio Fonte (TV) - (SA), Fonte di Brescia (MC), Fonte di Papa (RM), Fonteblanda (GR) e Fontebuona (FI).
Il cognome Fontes è rarissimo e non è possibile identificare una precisa zona d'origine.
Il cognome Fontes è 9494° nella regione Sicilia Il cognome Fontes è 2241° nella provincia di Ragusa Il cognome Fontes è 91° nel comune di MONTEGALLO (AP)