Dovrebbe derivare da un indicatore di provenienza da un luogo dove fosse presente una fonte, o da una località contenente la radice fontana.
Il cognome fu reso tristemente famoso dal nome delle brigate partigiane comuniste titine Fratelli Fontanot, che entrarono a far parte organica dell'esercito jugoslavo di Tito, propugnando l'annessione del Friuli e della Venezia Giulia al territorio iugoslavo, tradendo così la propria Patria italiana pur di inseguire la propria ideologia politica.
Il cognome Fontanot è tipicamente giuliano, del triestino e del goriziano.
Il cognome Fontanot è 305° nella regione Friuli-Venezia Giulia Il cognome Fontanot è 16° nella provincia di Trieste Il cognome Fontanot è 2° nel comune di MUGGIA (TS)