Dovrebbe derivare da nomi di località o dalla presenza di piante di mele cotogne nelle vicinanze dell'abitazione dei capostipiti, ma non si può escludere in alcuni casi una derivazione da soprannomi di mestiere originati dal termine arabo qutun, "cotone".
Un ulteriore ipotesi lo lega al cognome di origini spagnole, Cotuno, tipico dell'area di Toledo.
Il cognome Cotugno è tipicamente meridionale, con ceppi importanti tra iserniese, casertano, beneventano e napoletano e foggiano in particolare, con presenze comunque significative anche nel barese, tarentino e materano ed un ceppo tra reggino e messinese. Cotogni ha un ceppo romano. Cotogno, molto raro, ha un ceppo ad Anzio (Roma).