Dovrebbe derivare dal nome Baldassarre legato all'assiro-babilonese Belshar-uzur, che significa "Bel (divinità degli Assiri), proteggi il re" oppure "Bel protegge la sua vita".
Il cognome Baldisser, molto raro, è tipico trevisano. Baldissera è veneto e friulano. Baldisseri è specifico della zona compresa tra la provincia di Vicenza e quella di Padova. Baldisserotto è vicentino. Baldisserri è delle province di Bologna e Ravenna.
Il cognome Baldisseri è 3558° nella regione Veneto Il cognome Baldisseri è 1290° nella provincia di Padova Il cognome Baldisseri è 3° nel comune di SAN PIETRO IN GU (PD)