L'ipotesi più probabile è che possa trattarsi di un cognome di origini grecoalbanesi, derivato dal nome della città di Paphos, situata sull'isola di Cipro, e che sia giunto in Italia nel 1400 all'epoca dellla guerra di aggressione ad opera dei turchi contro le terre greche e della Repubblica Serenissima di Venezia.
Non si esclude del tutto la possibilità che possa, in qualche caso, trattarsi di un'alterazione del cognome Baffi.
Il cognome Baffa è tipico del calabrese, del cosentino in particolare e del crotonese, con un piccolo ceppo anche nel leccese.
Il cognome Baffa è 464° nella regione Calabria Il cognome Baffa è 195° nella provincia di Cosenza Il cognome Baffa è 1° nel comune di SANTA SOFIA D'EPIRO (CS)