Dovrebbe derivare da soprannomi etnici e patronimici del Portogallo ed indicare il luogo di origine dei capostipiti.
Il cognome Portoghese ha vari ceppi distinti, uno a Cagliari, uno a Roma, uno a Napoli, uno a Bari ed uno a Catania, Trapani e Palermo. Portoghesi è esclusivamente romano. Portuese e Portuesi sono piuttosto rari e siciliani.
Il cognome Portuesi è 4267° nella regione Sicilia Il cognome Portuesi è 817° nella provincia di Siracusa Il cognome Portuesi è 56° nel comune di CIMINNA (PA)