Dovrebbe derivare da un soprannome legato al nome proprio Raffaele o Raffaello (dall'ebraico Refa'el, che significa "medico di Dio, Dio ha guarito").
Il cognome Raffaelli è piuttosto diffuso in tutto il centronord. Raffaeli ha un ceppo tra milanese e cremonese, un ceppo nel veronese, uno nelle Marche e nel perugino, uno a Roma ed uno nel foggiano.
I cognomi Rafael, Rafaeli e Rafaelli sono quasi unici. Rafaele, oltremodo raro, sembra specifico del barese. Rafele è probabilmente catanzarese. Raffael, molto raro, è tipico di Venezia e del vicino trevisano. Raffaela sembrerebbe unico, forse siciliano. Raffaella è assolutamente raro. Raffaello ha un ceppo nel vicentino ed uno nel brindisino.