Potrebbe derivare dal toponimo Troia, paese del foggiano, ma anche da soprannomi legati al vocabolo tròia, sinonimo di scrofa ossia la femmina del maiale destinata alla riproduzione.
Il cognome Troia ha un ceppo pugliese, soprattutto nel barese, uno tra le province di Roma e Frosinone, uno nel napoletano, uno nel potentino ed un significativo in Sicilia. Troja, molto più raro, ha un ceppo nel palermitano, uno nel messinese ed uno nel siracusano. Troya è assolutamente raro ed è presente in Piemonte, Lombardia e Lazio.
Il cognome Troya è 16321° nella regione Calabria Il cognome Troya è 5978° nella provincia di Cuneo Il cognome Troya è 16° nel comune di CASTELNUOVO NIGRA (TO)