Potrebbe derivare dal toponimo Troia, paese del foggiano, ma anche da soprannomi legati al vocabolo tròia, sinonimo di scrofa ossia la femmina del maiale destinata alla riproduzione.
Il cognome Troia ha un ceppo pugliese, soprattutto nel barese, uno tra le province di Roma e Frosinone, uno nel napoletano, uno nel potentino ed un significativo in Sicilia. Troja, molto più raro, ha un ceppo nel palermitano, uno nel messinese ed uno nel siracusano. Troya è assolutamente raro ed è presente in Piemonte, Lombardia e Lazio.
Il cognome Troia è 988° nella regione Sicilia Il cognome Troia è 242° nella provincia di Barletta-Andria-Trani Il cognome Troia è 1° nel comune di GORZEGNO (CN)