Potrebbe derivare dal mestiere di proto magister o primo artigiano svolto dal capostipite, oppure potrebbe costituire la cognominizzazione del soprannome derivato dal verbo latino protere,"calpestare, pestare, mettere in fuga", riferito a persone forti e violente, che si fanno rispettare con la forza. Potrebbe infine anche derivare dal toponimo Protte (PG).
Il cognome Protti potrebbe avere un nucleo nel milanese e pavese ed uno nel riminese. Proti, rarissimo, ha un ceppo nel milanese, uno nel riminese ed uno nel teramano. Proto è molto diffuso a Roma, in Campania, Puglia, Calabria e Sicilia. Protto è tipicamente piemontese.
Il cognome Protti è 1731° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Protti è 140° nella provincia di Rimini Il cognome Protti è 2° nel comune di CIMOLAIS (PN)