Deriva da soprannomi legati all'antico italiano panaro, col significato di "panettiere, fornaio".
Non è da escludere, tuttavia, che in certi casi derivi dalla toponomastica modenese e, più nello specifico, da comuni quali Marano sul Panaro, San Felice sul Panaro, San Cesario sul Panaro e Savignano sul Panaro oppure direttamente dal fiume Panaro, un affluente del Po che scorre lungo il territorio.
Il cognome Panaro ha piccoli ceppi a Genova, Savona e nell'alessandrino, ha un nucleo campano, ma il nucleo più importante è sicuramente pugliese, tra barese e tarentino. Panara ha un ceppo nel milanese ed uno a Chieti. Panari, molto raro, è tipico di Modena ed Imola. Panario, rarissimo, parrebbe del savonese.
Il cognome Panaro è 856° nella regione Puglia Il cognome Panaro è 408° nella provincia di Bari Il cognome Panaro è 1° nel comune di CASTELLETTO D'ERRO (AL)