Dovrebbe derivare dal nome gentilizio romano Muzio, dal latino mūtǐus che significa "balbettante".
Potrebbe inoltre derivare dall'aferesi di diminutivi dialettali di nomi come Giacomo, Guglielmo o Cosimo.
Il cognome Muzzarelli è tipico delle province di Modena e Bologna. Muzza, molto raro, potrebbe essere lombardo. Muzzarini, più raro, è anch'esso presente in Emilia-Romagna.
Il cognome Muzzarini è 5407° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Muzzarini è 1666° nella provincia di Verbano-Cusio-Ossola Il cognome Muzzarini è 40° nel comune di MARZABOTTO (BO)