Potrebbe avere origini albanesi e derivare da un soprannome originato da un'italianizzazione del vocabolo albanese mendje, "mente", o da mendoj, "pensare", forse ad indicare nel capostipite una grande mente o un gran pensatore.
Il cognome Menduni è tipicamente pugliese, del foggiano e del barese. Menduno è del foggiano.
Il cognome Menduni è 2586° nella regione Puglia Il cognome Menduni è 1429° nella provincia di Foggia Il cognome Menduni è 54° nel comune di CORATO (BA)