Potrebbe avere origini albanesi e derivare da un soprannome originato da un'italianizzazione del vocabolo albanese mendje, "mente", o da mendoj, "pensare", forse ad indicare nel capostipite una grande mente o un gran pensatore.
Il cognome Menduni è tipicamente pugliese, del foggiano e del barese. Menduno è del foggiano.