Dovrebbe derivare dal toponimo Manfredonia (FG) probabile località d'origine delle famiglie oppure da forme ipocoristiche del nome medioevale Manfredi.
Il cognome Manfredonia è tipicamente campano di Napoli, Castellammare di Stabia (NA) e di Sarno (SA). Manfredonio, anch'esso campano, dovrebbe essere dovuto ad errori di trascrizione del precedente. Manfredone e Manfredoni sono rarissimi.
Il cognome Manfredoni è 25656° nella regione Lombardia Il cognome Manfredoni è 6799° nella provincia di Alessandria Il cognome Manfredoni è 14° nel comune di FONTENO (BG)