Dovrebbe derivare da soprannomi originati da caratteristiche vocali del capostipite o da episodi che possano direttamente o indirettamente ricordare un bel suono.
Il cognome Flauto ha presenze nel napoletano e salernitano, in provincia di Palermo, a Roma ed in Lombardia. Flauti è rarissimo, probabilmente del centrosud.
Il cognome Flauto è 3053° nella regione Campania Il cognome Flauto è 2105° nella provincia di Napoli Il cognome Flauto è 57° nel comune di BOSISIO PARINI (LC)