Dovrebbe derivare da soprannomi originati da caratteristiche vocali del capostipite o da episodi che possano direttamente o indirettamente ricordare un bel suono.
Il cognome Flauto ha presenze nel napoletano e salernitano, in provincia di Palermo, a Roma ed in Lombardia. Flauti è rarissimo, probabilmente del centrosud.