Dovrebbe derivare da forme patronimiche, dove il De- ed il Di- stanno per "il figlio di", legate al nomen latino Bonus o dal suo derivato medioevale Bono.
In alcuni casi potrebbe anche derivare da soprannomi originati dal carattere del capostipite.
Tracce di queste cognominizzazioni si trovano a Pavia in un atto del 1223 dove è citato un certo: "Bonusiohannes de Bono Filli condam Rolandi de Alagna", nella seconda metà del 1300 a Pisa con il mercante Giacomo de'Boni citato in un atto di affidamento, verso la fine del 1500 a Padova opera il Notaio Gerolamo de Boni del quondam Giovanni di Padova.
Il cognome De Bonis è diffuso al sud peninsulare, soprattutto nel foggiano, nel potentino e nel cosentino con un ceppo importante anche nelle province di Roma e Latina. Debonis, rarissimo e della stessa zona, è sicuramente dovuto ad errori di trascrizione del precedente. De Bono, molto raro, parrebbe romano. Debono è dovuto ad errori di trascrizione. De Buono è specifico di Cosenza e del cosentino. Di Bona ha ceppi nel romano, nel frusinate, nel casertano ed in Molise, ed un ceppo tra trapanese e palermitano. Di Boni, quasi unico, parrebbe del latinense. Di Bono ha piccoli ceppi nel frusinate e nel latinense, nel potentino ed in Sicilia nel trapanese e nel palermitano. De Bona è del bellunese. Debona è praticamente unico ed è dovuto ad errori di trascrizione del precedente. De Boni e la forma alterata Deboni sono tipicamente veneti.