Potrebbe derivare, direttamente o tramite una forma ipocoristica, da un soprannome basato sul termine dialettale cutrùfo, "caraffa".
Il cognome Cutrufelli, molto raro, è dell'area messinese/catanese. Cutrufo ha un ceppo nel siracusano ed a Catania.
Il cognome Cutrufelli è 13901° nella regione Sicilia Il cognome Cutrufelli è 5140° nella provincia di Messina Il cognome Cutrufelli è 67° nel comune di GRANITI (ME)