Dovrebbe derivare da un soprannome legato all'animale, il coniglio, o a mestieri ad esso collegati (allevamento o commercio) o ancora al carattere di una persona paurosa e timida (come un coniglio).
Il cognome Coniglio è maggiormente diffuso in Sicilia. Conigliani e Conigliano sono praticamente unici. Conigli, assolutamente raro, sembrerebbe della provicia di Ancona. Coniglione è tipicamente siciliano di Catania e del catanese. Cuniglio sembrerebbe avere un piccolo ceppo nel cuneese ed uno nel materano.