Dovrebbe derivare da un soprannome oppure dal nome Bartolomeo che in Veneto si dice Bortolo (per distinguere un ceppo famigliare dagli altri si è fatto ricorso a varie modificazioni soprannominali come Bortoli, Bortignoli, Bortignon con successivo mutamente della dentale in d).
Il cognome Bordignon, tipicamente veneto, della zona che comprende le province di Vicenza, Treviso e Padova, è probabilmente originario del vicentino di Romano d'Ezzelino in particolare. Bordignoni, rarissimo, dovrebbe essere dovuto ad errori di trascrizione del precedente.
Il cognome Bordignoni è 22797° nella regione Veneto Il cognome Bordignoni è 6060° nella provincia di Verona Il cognome Bordignoni è 124° nel comune di MOZZECANE (VR)