Dovrebbe derivare da un soprannome oppure dal nome Bartolomeo che in Veneto si dice Bortolo (per distinguere un ceppo famigliare dagli altri si è fatto ricorso a varie modificazioni soprannominali come Bortoli, Bortignoli, Bortignon con successivo mutamente della dentale in d).
Il cognome Bordignon, tipicamente veneto, della zona che comprende le province di Vicenza, Treviso e Padova, è probabilmente originario del vicentino di Romano d'Ezzelino in particolare. Bordignoni, rarissimo, dovrebbe essere dovuto ad errori di trascrizione del precedente.
Il cognome Bordignon è 105° nella regione Veneto Il cognome Bordignon è 28° nella provincia di Vicenza Il cognome Bordignon è 2° nel comune di CASSOLA (VI)