Dovrebbe derivare dal nome augurale medioevale Boninsegna con il significato di "segnato dal bene, dalla fortuna".
Il cognome Boninsegna è maggiormente concentrato nelle province di Trento, Brescia, Verona e Bologna, ma è presente in tutta l'Italia settentrionale. Boninsegni è fiorentino. Bonsegna, molto raro, potrebbe essere della provincia di Lecce.
Il cognome Bonsegna è 5866° nella regione Puglia Il cognome Bonsegna è 1553° nella provincia di Lecce Il cognome Bonsegna è 101° nel comune di NEVIANO (LE)