Dovrebbe derivare dal nome augurale medioevale Boninsegna con il significato di "segnato dal bene, dalla fortuna".
Il cognome Boninsegna è maggiormente concentrato nelle province di Trento, Brescia, Verona e Bologna, ma è presente in tutta l'Italia settentrionale. Boninsegni è fiorentino. Bonsegna, molto raro, potrebbe essere della provincia di Lecce.
Il cognome Boninsegna è 273° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Boninsegna è 235° nella provincia di Trento Il cognome Boninsegna è 7° nel comune di Dro (TN)