Vi sono diverse possibili origini tra le quali si possono ritenere valide la derivazione dal nome tardo latino Bernardus o Bernardinus oppure dal germanico Baerhard ("forte orso").
Il cognome si afferma intorno al XII e XIV secolo grazie anche al culto per i numerosi santi omonimi come Bernardo da Chiaravalle e Bernardino da Siena.
Il cognome Bernardi è del centro nord. Bernardino, assolutamente rarissimo, potrebbe essere meridionale. Bernardeschi è toscano, delle province di Pisa e Livorno in particolare. Bernardis è tipico delle province di Udine e Gorizia. Bernardon ha un ceppo in provincia di Pordenone. Bernaroli ha un ceppo bolognese. Bernotti, piuttosto raro, è presente nel nord Italia. Bernucci è del centro.
Il cognome Bernardoni è 1191° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Bernardoni è 339° nella provincia di Modena Il cognome Bernardoni è 2° nel comune di MONTESE (MO)