Potrebbe derivare dal vocabolo tedesco zoll, "dogana", e starebbe ad indicare la funzione del doganiere o il fatto di abitare in prossimità della frontiera, molto probabilmente quella tra impero austroungarico e regno d'Italia.
Il cognome Zoller è tipico del trentino. Zoll, quasi unico, è specifico dell'area della provincia di Bolzano.