Dovrebbe derivare dal nome della località Zignone nella bassa Val Trompia oppure da una forma accrescitiva aferetica dialettale del nome grecolatino Eugenio.
Tracce di queste cognominizzazioni si trovano nel 1400 con il soldato Vistallo Zignone che nel 1495 donò a San Giovanni Bianco nel bergamasco una spina della corona di Gesù Cristo, da lui ricevuta in premio dalla Repubblica Veneta come riconoscimento del suo eroico comportamento durante una battaglia contro Carlo VIII.
Il cognome Zignone ha un ceppo piemontese, nel biellese ed uno lombardo, ormai quasi scomparso, nel bergamasco. Zignoni è praticamente unico.
Il cognome Zignoni è 27096° nella regione Liguria Il cognome Zignoni è 18891° nella provincia di Genova Il cognome Zignoni è 13516° nel comune di GENOVA (GE)