Dovrebbe trattarsi di una forma etnica riferita a capostipiti che provenissero da paesi che nel nome contenessero la radice Santa o Santo.
Il cognome Santese ha un ceppo laziale nel romano, un ceppo campano nel salernitano, ed uno salentino nel tarantino, leccese e brindisino. Santesi, molto raro, sembrerebbe aretino.