Dovrebbe derivare da uno dei vari toponimi come San Donnino (FI), (AR), (LU), (AN), (FC), (RE), (VB).
Tracce di queste cognomizzazioni si trovano a Lucca nella seconda metà del 1400 con Nicolò II Sandonnini, vescovo di Lucca.
I cognomi Sandonini e Sandonnini sembrerebbero originari dell'Italia centrosettentrionale.
Il cognome Sandonini è 11585° nella regione Lombardia Il cognome Sandonini è 1927° nella provincia di Mantova Il cognome Sandonini è 40° nel comune di CASALOLDO (MN)