Dovrebbe derivare dal cognomen latino Rufus ("rosso di capigliatura") e dal nome medioevale italiano Rufinus.
Il cognome Ruffoni è tipicamente lombardo e delle province di Ferrara e Bologna.
Il cognome Ruffoni è 1790° nella regione Lombardia Il cognome Ruffoni è 95° nella provincia di Sondrio Il cognome Ruffoni è 1° nel comune di CERESARA (MN)