L'origine va ricercata nel termine protopapa, che, nell'ambito della Chiesa Ortodossa, indica il primo prete della gerarchia ecclesiastica (una sorta di arciprete o sacerdote del rito bizantino): dal punto di vista etimologico, il termine protopapa è un calco del greco protopapas, che, composto dagli elementi proto, "primo", e papas, "prete", significa letteralmente "primo prete".
Il cognome Protopapa è tipico della penisola salentina, del leccese, di Taranto e di Brindisi.
Il cognome Protopapa è 544° nella regione Puglia Il cognome Protopapa è 156° nella provincia di Lecce Il cognome Protopapa è 5° nel comune di GAGLIANO DEL CAPO (LE)