Dovrebbe derivare dal nome del monte Pomillo nel crotonese, forse la zona d'origine dei capostipiti, oppure da un soprannome originato dal termine siciliano puma, "mela".
Il cognome Pomillo è tipicamente siciliano, del ragusano e del siracusano.
Il cognome Pomillo è 5950° nella regione Sicilia Il cognome Pomillo è 824° nella provincia di Ragusa Il cognome Pomillo è 10° nel comune di VACCARIZZO ALBANESE (CS)