Potrebbe derivare da un soprannome che indicava il mestiere dei capostipiti, probabilmente gente che lavorava le perne, "conchiglie", producendo i caratteristici soprammobili siciliani di stile marino, oppure che avessero a che fare con le pernici.
Il cognome Perniciaro è tipicamente siciliano, del trapanese e del palermitano. Pernicone, sempre siciliano, è di Catania e Misterbianco nel catanese.
Il cognome Perniciaro è 2494° nella regione Sicilia Il cognome Perniciaro è 534° nella provincia di Trapani Il cognome Perniciaro è 2° nel comune di MEZZOJUSO (PA)