Potrebbe derivare da una forma patronimica medioevale, identificata dal suffisso cumulativo -neschi, riferita ai discendenti di un capostipite chiamato Peder (Pietro).
Secondo un'altra ipotesi, meno probabile, si potrebbe trattare di una forma etnica corrotta di paesi come Paderno Ponchielli nel cremonese, Paderno Dugnano nel milanese, Paderno Franciacorta nel bresciano o altri simili.
Il cognome Pederneschi è tipico di Cremona.
Il cognome Pederneschi è 9386° nella regione Lombardia Il cognome Pederneschi è 738° nella provincia di Cremona Il cognome Pederneschi è 10° nel comune di CORTE DE' FRATI (CR)