Dovrebbe derivare dal nome gallico latino Partinus (nome attributo anche a Giove), oppure dal toponimo Partina (AR).
Un indizio di questa cognomizzazione si trova nell'elenco degli scolari dell'Università di Perugia nel 1511 con un certo Francisus Partinus marchigiano.
Il cognome Partini è tipico del senese, di Colle Di Val D'elsa (SI) in particolare.