Potrebbe derivare da un soprannome dialettale (da pagus, "villaggio") legato all'origine contadina della famiglia. E' anche possibile una derivazione dal termine medievale paina inteso come pezzo di terra (area coltivabile).
Di questo uso si ha un esempio nel Codice Diplomatico della Lombardia medioevale in una Cartula venditionis del 1028 redatta a Calusco (BG): "...Et bergamena cum actramentario de terra levavimus, me paina Petri notarius et iudex tradidit et scribere rogavit in qua subter confirmans testibusque obtulit roborandum. Actum suprascripto loco Calusco....".
Non si può escludere anche un possibile collegamento con la paglia ed ad un mestiere ad essa riferito.
Personaggio famoso fu Ferdinando Paini, compositore, nato nel 1773.
Il cognome Paini ha più di un nucleo: uno nel parmense e reggiano, uno nel sondriese e uno nel bresciano.
Il cognome Paini è 855° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Paini è 47° nella provincia di Parma Il cognome Paini è 8° nel comune di MONTAGNA IN VALTELLINA (SO)