Dovrebbe derivare da un soprannome legato al vocabolo latino pagus (circoscrizione territoriale rurale secondo l'antica definizione romana) ed indicare che il capostipite proveniva da una zona rurale oppure significare "oriundo di Alpago (area della provincia di Belluno)".
Il cognome Pagotto è caratteristico dell'area veneto friulana. Pagot ha un ceppo nel trevisano ed in Friuli.
Il cognome Pagotto è 546° nella regione Veneto Il cognome Pagotto è 84° nella provincia di Treviso Il cognome Pagotto è 4° nel comune di SPRESIANO (TV)