Potrebbe derivare dal nome del paese di Pagogna, una frazione di Mel nel bellunese, oppure da un soprannome basato sul termine dialettale arcaico pagogna, che individua l'arbusto della lantana, una verbenacea odorosa dai semi usati per il loro gusto amarognolo e gradevole.
Il cognome Pagogna, rarissimo e quasi unico, è dell'area bellunese ed udinese.