In alcuni casi potrebbe derivare da toponimi come Tor Pagnotta nel romano, ma è pure possibile una derivazione da soprannomi legati al sostantivo italiano pagnotta dal latino panis, "pane".
Tracce molto antiche di questa cognominizzazione si trovano ad Anagni (FR) nel 1330: "...So bene l'Abbate Ughelli nel Tomo primo della sua Italia Sagra in Ecclesia Anagnina col. 341, num. 42 parlando di Francesco Giovanni Pagnotta Vescovo della detta Città, e nostro Religioso (la di cui promototione alla sudetta Chiesa d'Anagni registrassimo noi sotto l'Anno di Christo 1330) dice, che fu da Papa Benedetto XII nell'Anno primo del suo Pontificato alli 7 Marzo, cioè nell'Anno 1335 creato suo Pontificio Vicario in Roma; e soggiunge poi anche, che lo stesso Pontefice nell'Anno terzo del suo Pontificato, li concesse altresì gratia speciale di potere conferire li Beneficj Ecclesiastici della sua Diocesi...".
Il cognome Pagnotta è diffuso in Umbria, nel romano, in tutta la Campania e la Calabria ed in Sicilia.
Il cognome Pagnotta è 283° nella regione Umbria Il cognome Pagnotta è 234° nella provincia di Vibo Valentia Il cognome Pagnotta è 3° nel comune di GRIMALDI (CS)