Potrebbe derivare dal termine latino paganus, da pagus ("villaggio") ed indicare una famiglia "che vive nel villaggio" inteso come "chi abita fuori dalla città".
Nel Medioevo inoltre era usanza definire "pagani" i popoli non ancora convertiti alla fede cristiana (germanici, arabi, saraceni).
Il cognome Paganini sembra avere almeno tre ceppi, nella Liguria orientale, in Lombardia e in Emilia e Romagna.
Il cognome Paganini è 149° nella regione Liguria Il cognome Paganini è 12° nella provincia di La Spezia Il cognome Paganini è 1° nel comune di CARRO (SP)